La flore du Parc National de l'Iguaçu a une diversité surprenante. Des milliers d'espèces forment la dense Flore Pluviale Subtropicale.

La flore du parc est composée essentiellement de deux groupes: la florêt saisonnière semi-déciduale et la florêt d'araucarias, qui forment la couverture continue de végétation, ressemblant à un gigantesque tapis de verdure de valeur incalculable comme banque génétique.

Les arbres de taille plus petite constituent l'estrate intermédiaire, comme la fougère arborescente, le palmiste, l'oranger-du-bois et le caucho. Des graminées, des fougères, des herbes et des arbustes couvrent le sol. Des épiphytes comme les broméliacées, les orchidées, les aracées et les lianes s'éparpillent jusqu'au dais. La végétation de la plaine est représentée par des matériels de bambou, outre les palmiers de macaúna et les graminacées typiques de marais.

Dans une zone à l'est du Parc survit la florêt d'araucarias ayant comme espèce principale l'arbre candélabre (Araucaria angustifolia), le symbole majeur du Paraná et auparavant abondant dans tout l'État. Dans la florêt vivent des espèces protégées par les grands arbres comme la casca d'anta et le maté (Thé des Jésuites). Dans le bois de pins adultes se trouvent le Jerivá, la Guajuvira, et l'Uvaia.