Não há registros precisos da época, porém através de informações colhidas com antigos funcionários, tal prédio teria a finalidade de residência de veraneio do então presidente Getúlio Vargas, mas logo após o Ministro da Guerra autorizou a construção de outro imóvel para tal finalidade.

De 1995 para cá funcionou como sede administrativa, abrigando ambulatório médico, armazém de cooperativa, apartamentos funcionais e administração.

Entre 1970 e 1988 abrigou centro de visitantes, onde eram expostos exemplares da fauna e da flora regional, materiais indígenas e exposição de fotos de outras unidades.

Em 1988 fechado a visitação e programada a reforma, porém o centro de visitantes foi destinado a exposições itinerantes face às precárias condições dos exemplares ali expostos.
Atualmente funcionam na parte térrea do prédio da Administração dois auditórios, um com capacidade para 60 pessoas, e outro com capacidade para 40 pessoas, sala com exposição permanente da 1ª usina localizada no rio São João próximo ao edifício, e sala de equipe de Manejo e Conservação, que é responsável por todas as atividades de manejo, fiscalização, pesquisa e proteção da Unidade, e na parte superior a Administração propriamente dita, com todas as dependências e setores.